裁员赔偿时间应当从入职时间开始计算。具体来说，在经济补偿方面，裁员赔偿标准为每工作一年支付一个月工资的经济补偿。对于您的情况，由于您在 2016 年 6 月 12 日入职，九月份转正，公司于 5 月份通知裁员，您应该得到一个月工资的经济补偿。

此外，您还可以通过申请劳动仲裁，要求公司补缴试用期的社保。如果公司无法补缴社保，您可以要求折现补偿。需要注意的是，如果公司在裁员的前几天让您签订一份试用期自动放弃社保的合同，这种合同具有协迫性质，可以视为无效。