重庆游船主要有两个码头可供选择：朝天门和洪崖洞。以下是他们的不同之处：

1. 朝天门码头

朝天门是重庆的著名景点，游客可以从这里乘坐游船游览长江、嘉陵江两岸风景。这里是重庆游船最热门的码头之一，游船种类繁多。从这里出发，游客可以欣赏到朝天门在长江两岸的雄伟壮观的景象，以及红岩半山的美丽风光。

2. 洪崖洞码头

洪崖洞是重庆的另一个著名景点，也是游客经常去的地方。从这里出发，游客可以欣赏到长江两岸的风景和洪崖洞上下的美景，尤其是夜晚的时候，赏灯效果更佳。此外，洪崖洞码头周围有许多地方可以适合游玩，如碑、较场口等。

因此，如果你希望欣赏到长江两岸的风景，那么可以选择朝天门码头；如果你想同时游览洪崖洞等著名景点，那么可以选择洪崖洞码头。