运营管理是上海财经大学众多学科中历史最为悠久的学科之一，早在1921年上海财经大学前身上海商科大学设立之初就有开设。企业管理学科1990年获批设立企业管理硕士点，1996年设立企业管理博士点和博士后流动站，并于21世纪初开始物流与运营管理方向博士生培养。为了与国际接轨，助推运营管理方向的持续发展，运营管理系于2008年成立，开始运营管理与供应链管理、大数据商务分析方向博士生培养，是全国最早设立运营管理博士方向的院校系所之一。2021年运营管理系依托商学院平台设立商务分析二级学科，致力于融合数据分析技术、运营管理理论、决策优化方法的交叉学科研究与人才培养。