黄花梨108念珠和桶珠在以下三个方面存在区别：

1. 材质和外观：黄花梨108念珠和桶珠都是由海南黄花梨制成，但外观形态有所不同。念珠的珠子直径基本相同，呈圆形状，而桶珠的形状为桶状，横截面是圆形。

2. 工艺和制作：在制作过程中，两者的工艺也有所不同。桶珠的制作需要经过切割、打磨等工序，而念珠则需要穿孔、打磨等工序。

3. 用途和搭配：桶珠通常作为配饰使用，可以搭配其他珠宝或手串等。而念珠则通常用于念佛、计数等宗教活动，也可以作为手串或项链等佩戴。

综上所述，黄花梨108念珠和桶珠虽然都是海南黄花梨制品，但在外观、工艺、用途和搭配上都有所不同。