为了合法储存淮安市工厂的自用柴油，首先需要建立符合安全规范的储存场所，充分考虑防火、防爆及防污染等因素。

其次，应使用符合国家标准的柴油储罐，并在储罐周围设置油池及泄油防护措施。

员工需要接受严格培训，掌握正确的储油操作方法，以确保员工的安全和储存场所的稳定性。

对于储存时间长的柴油，还应定期检查质量和性能，避免因质量和性能下降而造成设备损坏或使用不当。