品种不同：芥菜是十字花科、芸苔属一年生草本植物，儿菜是十字花科、芸薹属二年生草本植物。

外观不同：芥菜茎直立，叶片柄具有小裂片，茎下部的叶片较小，边缘有缺刻或锯齿，茎上部的叶片为披针形，边缘有疏齿，儿菜肉质茎膨大，总叶数为30片左右，腋芽重叠于茎上，呈宝塔状。

食用部位不同：芥菜主要食用叶片，儿菜主要食用肉质腋芽。